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JACS: IGF2-融合溶酶體靶向嵌合體用于降解細(xì)胞外和膜蛋白

來源:化學(xué)加原創(chuàng)      2023-11-22
導(dǎo)讀:近日,新加坡國立大學(xué)姚少欽、浙江工業(yè)大學(xué)葛璟燕和大連理工大學(xué)都書博團(tuán)隊(duì)共同報(bào)道了一系列與胰島素樣生長因子2(IGF2)融合的重組蛋白iLYTACs。這些蛋白可以在幾天內(nèi)通過標(biāo)準(zhǔn)的克隆和細(xì)菌表達(dá)方法方便且高產(chǎn)率的獲得。I型iLYTAC和II型iLYTAC均可有效的通過溶酶體靶向和降解各種細(xì)胞外和膜結(jié)合蛋白。iLYTAC代表了一種方便和選擇性靶向蛋白質(zhì)降解的通用和模塊化策略,從而擴(kuò)大了當(dāng)前LYTAC和相關(guān)技術(shù)的潛在應(yīng)用。文章鏈接DOI:10.1021/jacs.3c08886

正文

人類中超過30%的編碼蛋白質(zhì)的基因表達(dá)細(xì)胞外或細(xì)胞表面蛋白質(zhì)。其中許多蛋白在各種病理生理?xiàng)l件下發(fā)揮著關(guān)鍵作用。近年來,靶向蛋白降解(TPD)技術(shù)已成為靶向傳統(tǒng)不可成藥蛋白的新型高效治療方式。然而,大多數(shù)TPD相關(guān)策略,包括PROTAC、分子膠和AUTAC等,只能降解胞質(zhì)蛋白或具有胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域的膜蛋白。在此,作者報(bào)道了iLYTACs,并通過一系列實(shí)驗(yàn)證實(shí)了iLYTAC可以用于擴(kuò)展當(dāng)前LYTAC和相關(guān)技術(shù)的潛在應(yīng)用。下載化學(xué)加APP到你手機(jī),更加方便,更多收獲。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

IGF2R結(jié)構(gòu)域11特異性結(jié)合IGF2。結(jié)合后,IGF2–IGF2R復(fù)合物經(jīng)歷細(xì)胞運(yùn)輸進(jìn)入溶酶體,最終導(dǎo)致IGF2降解。作者首先驗(yàn)證了IGF2的這種特殊性質(zhì)可以被用作一種有效的溶酶體靶向受體(LTR)配體,以實(shí)現(xiàn)細(xì)胞外和膜蛋白的廣泛有效的溶酶體遞送和降解(圖1A、B和S1)。在概念驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)中,作者證實(shí)了細(xì)胞外生物素結(jié)合蛋白NeutrAvidin protein DyLight 650/488(NA650/NA488,圖1C和S2)的成功細(xì)胞攝取和溶酶體遞送。細(xì)胞的蛋白質(zhì)組裂解物的凝膠內(nèi)熒光掃描分析顯示,IGF2介導(dǎo)的NA488攝取與時(shí)間相關(guān),顯著攝取在2小時(shí)開始發(fā)生,并持續(xù)24小時(shí)(圖S2C),且在洗出后2小時(shí)明顯觀察到NA488帶的熒光強(qiáng)度顯著降低,表明NA488的溶酶體降解成功。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

隨后,作者試圖將基于IGF2的iLYTAC建立為一個(gè)通用、方便和模塊化的平臺(tái)(圖1D)。I型iLYTACs是IGF2與POI結(jié)合物或納米體融合的產(chǎn)物,即IGF2-TB。II型iLYTAC(也稱為IGF2-Z)是免疫球蛋白G(IgG)的Z結(jié)構(gòu)域與IGF2融合,從而能夠融合大多數(shù)市售mAb(圖1E)。作者總共構(gòu)建了四種I型iLYTACs,即IGF2-AfEGFR、IGF2-AfSyn、IGF2-NbGFP和IGF2-NbPDL1

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

接下來,作者進(jìn)行了BLI實(shí)驗(yàn),確證了iLYTACs中的IGF2仍保持對(duì)IGF2R的結(jié)合活性(圖2E和S7)。用LysoTracker Green對(duì)IGF2-TB處理的細(xì)胞進(jìn)行的進(jìn)一步共定位實(shí)驗(yàn)顯示,大多數(shù)內(nèi)化的IGF2-TB的溶酶體定位成功(圖2I和S8C)。作者在K562和HeLa細(xì)胞中用IGF2-AfEGFR進(jìn)行了競爭攝取測定(圖S9A),進(jìn)一步驗(yàn)證了IGF2/IGF2R輔助攝取IGF2-TB。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

接下來,作者確證了iLYTACs能夠介導(dǎo)疾病相關(guān)的細(xì)胞外蛋白和膜蛋白的溶酶體降解(圖3A–D和S10A,B)。此外,添加了溶酶體抑制劑Baf和氯喹CQ后顯著抑制了EGFR降解,進(jìn)一步證實(shí)了溶酶體降解機(jī)制(圖3E)。作者進(jìn)一步評(píng)估了IGF2-AfEGFR如何影響EGFR的下游信號(hào)傳導(dǎo)。急性EGF刺激(100 ng/mL,20分鐘)沒有降低EGFR水平,但顯著增強(qiáng)了磷酸化(圖3F,泳道2)。單獨(dú)用IGF2或AfEGFR預(yù)處理沒有改變EGF刺激后EGFR的Y1068的磷酸化狀態(tài)(圖3F,泳道3和4)。然而,作者觀察到pEGFR表達(dá)在IGF2-AfEGFR處理的細(xì)胞中顯著減少(圖3F,泳道5),這表明與西妥昔單抗(Cet)/AfEGFR結(jié)合相比,IGF2-AfEGFR去除EGFR在抑制下游激酶信號(hào)傳導(dǎo)方面更有效。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

為了進(jìn)一步驗(yàn)證iLYTACs的普適性和靈活性,作者接下來設(shè)計(jì)并得到了靶向PD-L1的iLYTACs IGF2-NbPDL1和IGF2-3-NbPDL1。觀察到了與IGF2-AfEGFR類似的效果(圖3G、H、S10D和S8D)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

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隨后,作者進(jìn)一步評(píng)估了iLYTAC介導(dǎo)的細(xì)胞外蛋白降解。GFP和α-Syn被用作靶向蛋白;相應(yīng)的iLYTAC IGF2-NbGFP (圖 4A,4B)和IGF2-AfSyn(圖4C,D)均對(duì)GFP和α-Syn表現(xiàn)出降解能力。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

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隨后,為了探索在II型iLYTAC(或IGF2-Z)的基礎(chǔ)上開發(fā)通用降解平臺(tái)的可能性,作者使用類似于生產(chǎn)I型iLYTACs的方法將IGF2-Z在大腸桿菌中表達(dá)、純化并表征(圖5A和S3–S8)。

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接下來,作者評(píng)估了IGF2-Z與Cet聯(lián)合是否可以降解內(nèi)源性EGFR(圖5E和S13A,B);WB分析顯示,與Cet和IGF2-Z共同孵育的HeLa細(xì)胞內(nèi)的EGFR水平以劑量和時(shí)間依賴的方式顯著降低,在用摩爾比1:10 Cet/IGF2-Z 24小時(shí)孵育處理的細(xì)胞中觀察到有效的EGFR降解。IGF2和Z結(jié)構(gòu)域之間的連接體的長度不影響降解效率(圖S13C)。這種降解被溶酶體抑制劑抑制(圖5F)。免疫熒光和CLSM顯示,在用Cet+IGF2-Z處理的細(xì)胞中,膜結(jié)合的EGFR信號(hào)成功地輸送到主要的溶酶體(圖5G)。與用IGF2-AfEGFR處理細(xì)胞的I型iLYTAC相比(圖3B–F),作者觀察到在EGF刺激后,用Cet+IGF2-Z處理的HeLa細(xì)胞中pEGFR和pAKT(S473;EGFR的下游靶標(biāo))的水平更顯著地降低(圖5H)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

為了進(jìn)一步驗(yàn)證IGF2-Z的普適性,作者研究了IGF2-Z降解CD20的能力。結(jié)果發(fā)現(xiàn),用IGF2-Z+Ritu處理Raji細(xì)胞后,比單獨(dú)用Ritu或IGF2-Z處理的細(xì)胞的CD20水平低得多(圖5I和S13E)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

隨后,作者選擇IGF2-Z來評(píng)估其在小鼠中的藥代動(dòng)力學(xué)和生物分布。靜脈注射Cy5標(biāo)記的IGF2-Z、Cet和Cy5(圖S14A)?;谔幚硇∈笪惭袩晒鈴?qiáng)度的清除率顯示,僅使用Cy5染料的清除率最快,其次是IGF2-Z,最后是Cet(圖6A),這與分子大小影響藥代動(dòng)力學(xué)的已知現(xiàn)象一致。主要器官的離體熒光成像也顯示出類似的清除趨勢(圖S14B–D);IGF2-Z與Cet的復(fù)合物形成并沒有顯著影響IGF2-Z的清除率,這可能是由于血液中IgG水平高得多。此外,在IGF2-Z或Cet-5-h處理的小鼠中,觀察到肝臟的攝取最高。5小時(shí)時(shí)在腎臟中檢測到強(qiáng)烈信號(hào),表明IGF2-Z正在迅速從血液循環(huán)中清除(圖6B和S14D)。

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(圖片來源:J. Am. Chem. Soc.)

隨后,作者使用HeLa細(xì)胞異種移植的Balb/c裸鼠,在體內(nèi)評(píng)估iLYTACs的治療潛力。結(jié)果表明,用IGF2-Z+Cet治療的小鼠的腫瘤體積和重量下降了~50%,而用IGF2-AfEGFR治療的小鼠腫瘤體積和體重下降水平略低(圖6E和F)。WB結(jié)果也表明通過使用iLYTAC,體內(nèi)EGFR成功降解(圖6G/H)。

總結(jié)

新加坡國立大學(xué)姚少欽、浙江工業(yè)大學(xué)葛璟燕和大連理工大學(xué)都書博團(tuán)隊(duì)共同首次報(bào)道了一種用于降解細(xì)胞外蛋白和膜蛋白的重組嵌合IGF2融合蛋白iLYTACs。iLYTACs蛋白可以通過大腸桿菌以簡單高產(chǎn)的方式獲得,在治療癌癥和神經(jīng)退行性疾病均具有極大的潛力。iLYTACs代表了一種方便地選擇性靶向細(xì)胞外蛋白質(zhì)和膜蛋白降解的通用和模塊化策略,擴(kuò)大了當(dāng)前LYTACs和相關(guān)技術(shù)的潛在應(yīng)用。

文獻(xiàn)詳情:

Bei Zhang,Rajeev Kungur Brahma,Liquan ZhuJiayi Feng,Shiqi Hu, Linghui QianShubo Du*,Shaoqin Yao*Jingyan Ge*. Insulin-like Growth Factor 2 (IGF2)-Fused Lysosomal Targeting Chimeras for Degradation of Extracellular and Membrane Proteins. J Am Chem Soc2023, https://doi.org/10.1021/jacs.3c08886

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