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Nature Chemistry:胡友財/周佳海/K N. HouK合作在天然產(chǎn)物生物合成的糖基化蛋白研究中取得新突破

來源:中國醫(yī)學科學院藥物研究所      2023-07-10
導讀:2023年6月26日,中國醫(yī)學科學院藥物研究所胡友財課題組與合作團隊在Nature Chemistry(《自然?化學》)在線發(fā)表題為“Tandem intermolecular [4+2] cycloadditions are catalyzed by glycosylated enzymes for natural product biosynthesis”(糖基化酶催化串聯(lián)分子間[4+2]環(huán)加成反應用于天然產(chǎn)物的生物合成)的研究論文,報道了蛋白糖基化調(diào)控酶催化活性的新機制并發(fā)現(xiàn)了首例串聯(lián)4+2環(huán)化酶。


蛋白質(zhì)的糖基化修飾普遍存在于真核生物細胞中。糖基化會影響蛋白質(zhì)正確折疊、分泌、亞基的聚合和信號轉(zhuǎn)導等,從而在很多生物過程中發(fā)揮重要作用。然而,目前關(guān)于糖基化對生物合成酶催化功能的影響還不清楚。

在這項研究中,作者首次揭示了糖基化對天然產(chǎn)物生物合成酶催化活性的分子調(diào)控機制。該論文報道了糖基化蛋白EupfF及其同源蛋白PycR1分別催化串聯(lián)[4+2]環(huán)化反應,參與強效抗腫瘤天然產(chǎn)物eupenifeldin和pycnidione的生物合成。這兩個分子是分別由制藥公司百時美施寶和默克從真菌中發(fā)現(xiàn)的納摩爾級抗腫瘤天然產(chǎn)物,因其復雜的化學結(jié)構(gòu)和連續(xù)的手性中心,使其化學全合成一直未被攻破。在前期工作中,研究團隊利用大腸桿菌表達的非糖基化蛋白EupF實現(xiàn)了eupenifeldin生源前體neosetophomone B的生物合成(JACS, 2019)。但是該非糖基化蛋白僅能實現(xiàn)單次[4+2]環(huán)化反應,且催化效率較低,始終無法合成結(jié)構(gòu)更復雜的eupenifeldin及其類似物。為了解決這一問題,研究團隊利用真核表達系統(tǒng)實現(xiàn)了EupfF及同源蛋白PycR1的異源表達,并通過生物信息學分析、底物飼喂、綠色熒光蛋白標記亞細胞定位、蛋白質(zhì)譜、過典酸雪夫染色和體外生化實驗等,確定了EupfF和PycR1是糖基化修飾的蛋白,并且呈現(xiàn)鈣離子依賴性。它們均可催化罕見的串聯(lián)[4+2]環(huán)化反應。為了研究糖基化對蛋白催化功能的影響,研究團隊通過高分辨的蛋白-底物復合物晶體結(jié)構(gòu)、量子力學計算模擬以及點突變實驗確定了酶的完整催化機理,并發(fā)現(xiàn)糖基化調(diào)控酶催化活性的新機制。具體而言,糖基化顯著提升蛋白對催化中心鈣離子的親和性,而鈣離子既有催化作用又有重要的結(jié)構(gòu)性作用,二者協(xié)同調(diào)控酶的催化中心,極大提高酶的催化效率。同時,利用真核異源表達系統(tǒng)實現(xiàn)了eupenifeldin和pycnidione的生物合成,為這兩個資源有限的活性分子的成藥性研究提供了物質(zhì)保障。

該研究揭示了翻譯后修飾對生物合成酶催化功能的顯著影響。發(fā)現(xiàn)糖基化修飾的生物合成酶不但易于分泌,而且具有更強更完整的催化功能,這為生物合成酶的設(shè)計與改造提供了新的思路;而串聯(lián)4+2環(huán)化酶的發(fā)現(xiàn)和催化機制的闡明為復雜藥用天然產(chǎn)物的酶法合成帶來新的啟示。


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藥物所胡友財研究員、深圳先進院周佳海研究員和加州大學洛杉磯分校K N. HouK教授為本論文的共同通訊作者。藥物所已畢業(yè)博士生劉家旺(入選2022年協(xié)和青年學者支持計劃)、助理研究員張晨,上海有機所博士生陸佳燕和UCLA博士生周青揚為共同第一作者。該工作獲得國家杰出青年科學基金(No. 82225042),中國醫(yī)學科學院醫(yī)學與健康科技創(chuàng)新工程(CIFMS, No. 2021-I2M-1-029),中國醫(yī)學科學院基本科研業(yè)務費(No. 2022-RC350-05)等項目資助。


原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41557-023-01260-8



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