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Angew:DNA模板原位指導(dǎo)大環(huán)化反應(yīng)用于定向生物正交合成

來源:化學(xué)加原創(chuàng)      2022-12-29
導(dǎo)讀:近日,來自印度的Jyotirmayee Dash團(tuán)隊(duì)在Angew上發(fā)表了題為“Expanding the Toolbox of Target Directed Bio-Orthogonal Synthesis: In Situ Direct Macrocyclization by DNA Templates”的文章,首次證明了非天然DNA可以指導(dǎo)大環(huán)化樣反應(yīng)合成基因調(diào)節(jié)劑。DNA G-四聯(lián)體(G4s)中存在的平面G-四分體為雙官能團(tuán)疊氮和炔片段在寡聚和聚合過程中的生物正交大環(huán)化提供了尺寸互補(bǔ)反應(yīng)平臺。在體外和細(xì)胞內(nèi)成功執(zhí)行原位大環(huán)化將為靶向治療應(yīng)用開辟一個新的維度。

目標(biāo)導(dǎo)向合成(TGS)是一種無需事先合成和高通量篩選即可識別目標(biāo)選擇性先導(dǎo)物的強(qiáng)大工具。它已被有效地用于各種治療性蛋白和核糖核蛋白靶點(diǎn)的抑制劑的簡單合成。然而,作為模板的DNA/RNA靶點(diǎn)在設(shè)計和開發(fā)用于調(diào)節(jié)基因功能的小分子方面的研究仍然較少。

由于肽和擬肽大環(huán)的結(jié)構(gòu)限制,它們表現(xiàn)出代謝穩(wěn)定性和增強(qiáng)的生物分子靶標(biāo)結(jié)合親和力仿肽大環(huán)的大表面積阻止了與雙鏈DNA的插層結(jié)合,并顯示了對DNA四鏈的選擇性。疊氮-炔環(huán)加成反應(yīng)已被用作構(gòu)建大環(huán)骨架的工具,在肽和碳水化合物化學(xué)、超分子系統(tǒng)和藥物化學(xué)中得到了廣泛的應(yīng)用。雙官能團(tuán)片段之間的雙環(huán)加成進(jìn)行大環(huán)化需要很高的稀釋條件。通過原位雙擊反應(yīng)合成靶標(biāo)導(dǎo)向的多肽,如大環(huán)配體,不僅能有效構(gòu)建大環(huán)結(jié)構(gòu),還有助于識別生物靶標(biāo)的結(jié)合劑。然而,從反應(yīng)混合物中識別原位生成的配體一直具有挑戰(zhàn)性。在這項(xiàng)工作中,作者團(tuán)隊(duì)提出了G4s可以選擇性地導(dǎo)向雙炔和雙疊氮片段合成一個大環(huán)類肽的方案(Scheme 1)。這種大環(huán)配體也已在活細(xì)胞中由其相應(yīng)片段合成,顯示出很有前景的生物學(xué)特性。

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Scheme 1. DNA功能化磁性金納米顆粒靶向?qū)蚝铣蒅4選擇性配體的示意圖(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

為了生成目標(biāo)特異性配體,作者制備了6個雙炔(1a-f)和9個單/雙疊氮(2a-i),其中包含脂肪族、芳香族和羧酰胺官能團(tuán)以及烷基胺側(cè)鏈(Fig1a-b)。以c-MYC、h-TELO、c-KIT1、c-KIT2、BCL2 G4 DNA和一個dsDNA作為DNA模板,在鍍金磁性納米顆粒(AuMNPs)上進(jìn)行瞬間共價系鏈(Scheme 1)。UV-Vis光譜證實(shí)了DNA與納米顆粒的結(jié)合(Fig1)。CD光譜顯示,固定在Au-MNPs上的c-MYC, c-KIT1, c-KIT2, BCL2和h-TELO G4s具有典型的CD特征,并保持其G4構(gòu)象。在反應(yīng)性方面,c-MYC G4-AuMNPs生成雙三唑基大環(huán)配體M1,h-TELO G4-AuMNPs也得到了相同的產(chǎn)物(Fig1c-d),并且前者具有更高的相對產(chǎn)率。

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Fig 1. G4納米模板定向原位環(huán)加成(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

為了確定原位生成M1的區(qū)域選擇性,作者在高稀釋條件下用標(biāo)準(zhǔn)Cu(I)-催化疊氮炔環(huán)加成(CuAAC)合成了M1(Fig2a)。觀察到原位反應(yīng)和Cu(I)-催化反應(yīng)都產(chǎn)生1,4-雙取代的抗三唑區(qū)域異構(gòu)體。

為了了解這類大環(huán)的結(jié)合特性,作者團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步通過Cu(I)-催化CuAAC合成了3個結(jié)構(gòu)相似的化合物M2、M3M4(Fig2a-b)。G4定向合成沒有檢測到1b2b組分形成的大環(huán)M4。含雙疊氮化合物(2a,2b)的吡啶雙羧基酰胺(1a,1b)與含雙炔化合物的吡啶雙羧基酰胺(1a,1b)的反應(yīng),得到高收率(70-78%)的雙三唑大環(huán)M1-M4(Fig2a-b)。這類大環(huán)包含4個酰胺鍵和2個酰胺鍵同構(gòu)體(三唑結(jié)構(gòu)單元),可作為細(xì)胞內(nèi)靶點(diǎn)的潛在治療性擬肽配體。

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Fig 2. Cu(I)-催化疊氮炔環(huán)加成反應(yīng)合成M1-M4大環(huán)化合物及其結(jié)構(gòu)和分子對接(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

M4的結(jié)構(gòu)通過單晶X-射線分析確認(rèn)(Fig2c),由于這些大環(huán)(M1-M4)的大環(huán)核具有精確的幾何互補(bǔ)和較大的表面積,預(yù)計它們對G4 DNA具有選擇性。此外,用熒光滴定法測定配體對不同G4的結(jié)合親和力(Kd)。觀察結(jié)果表明,盡管兩種配體都與h-TELO結(jié)合,但它們對c-MYC的結(jié)合親和力相對較高(Fig3c)。與M1M2相比,具有相似循環(huán)核的配體M3M4對c-MYC沒有太大的特異性和親和力。與未生成M4的TGS結(jié)果一致,M4對c-MYC、c-KIT2和h-TELO G4s表現(xiàn)出非特異性和弱結(jié)合。這一趨勢表明,帶有側(cè)鏈的大環(huán)配體M1M2對G4s的結(jié)合親和力高于沒有側(cè)鏈的M3(疊氮基吡啶環(huán)側(cè)鏈)和M4。熒光和ITC研究表明,這些配體與雙鏈DNA的結(jié)合微不足道。分子模型研究進(jìn)一步表明,配體M1在c-MYC G4的存在下獲得了平坦但靈活的構(gòu)象(Fig2e),盡管從晶體結(jié)構(gòu)上觀察到大環(huán)核是非平面的。CD光譜研究顯示,即使存在15摩爾當(dāng)量的大環(huán)(M1-M4),c-MYC G4也能保持其構(gòu)象。

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Fig 3. 配體的RET-melting、Tm和ITC分析(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

接下來,XTT法檢測的細(xì)胞毒性結(jié)果表明,配體M1、M2M3M4HeLa細(xì)胞具有相似的細(xì)胞毒性,但對正常NKE細(xì)胞的毒性均較低(IC50 ? 60 μΜ)。流式細(xì)胞術(shù)使用凋亡標(biāo)記(Annexin V和PI)分析顯示,M1誘導(dǎo)61%的細(xì)胞群凋亡,10.8%的細(xì)胞群壞死。M2還誘導(dǎo)45%的細(xì)胞群凋亡,8.7%的細(xì)胞群壞死。

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Fig 4. 配體分子的qRT-PCR、Western blot、雙熒光素酶測定和免疫細(xì)胞化學(xué)分析(圖片來源:Angew. Chem. Int. Ed.

通過qRT-PCR和Western Blot研究配體對HeLa細(xì)胞中相對于管家基因表達(dá)的c-MYC基因表達(dá)的體外影響(Fig4a-c),結(jié)果表明M1在轉(zhuǎn)錄和翻譯水平上比M2更有效地抑制c-MYC的表達(dá),而不改變管家基因的表達(dá)。雙熒光素酶檢測發(fā)現(xiàn)M1M2分別降低了c-MYC啟動子連接的熒光素酶表達(dá)51%和40%(Fig4d)。然而,M1M2都沒有改變c-MYC突變啟動子中的熒光素酶表達(dá)(不能形成G4結(jié)構(gòu)),這表明觀察到的c-MYC表達(dá)下調(diào)是由四聯(lián)體穩(wěn)定引發(fā)的。

接下來,作者通過疊氮和炔的無銅點(diǎn)擊反應(yīng)來探索其在細(xì)胞中的可行性。對Hela細(xì)胞提取物進(jìn)行ESI-MS分析,發(fā)現(xiàn)M/z值與M1對應(yīng),表明細(xì)胞大環(huán)化。用1a2a處理的細(xì)胞也增加了約2倍的BG4焦點(diǎn),這表明細(xì)胞內(nèi)形成的M1隨后穩(wěn)定并捕獲內(nèi)源性G四聚體結(jié)構(gòu)。

總結(jié)

Jyotirmayee Dash團(tuán)隊(duì)利用非共價相互作用的力量,首次完成了模擬肽型大環(huán)(M1)的DNA模板合成。該研究表明,大環(huán)化反應(yīng)可以通過靶向合成方法實(shí)現(xiàn)。通過Cu(I)-催化環(huán)加成也合成了M1的結(jié)構(gòu)類似物。G-四聯(lián)體和其中一種大環(huán)配體的晶體結(jié)構(gòu)比較表明,互補(bǔ)結(jié)構(gòu)基序通過雙疊氮和雙炔碎片之間不可逆的鍵合,在高親和的大環(huán)仿肽劑的形成中起著至關(guān)重要的作用。


文獻(xiàn)詳情:

Ritapa Chaudhuri, Thumpati Prasanth, Jyotirmayee Dash. Expanding the Toolbox of Target Directed Bio-Orthogonal Synthesis: In Situ Direct Macrocyclization by DNA Templates, Angew. Chem. Int. Ed. 2022, https://doi.org/10.1002/anie.202215245

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