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Nat Commun：廈大楊朝勇教授與合作者發(fā)展了基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序圖譜的腫瘤病灶溯源新方法
來源：廈門大學(xué) 2022-12-28
導(dǎo)讀：近日，廈門大學(xué)楊朝勇教授課題組與合作者發(fā)展了基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序圖譜與深度遷移學(xué)習(xí)的循環(huán)腫瘤細(xì)胞組織溯源新方法,相關(guān)成果以“Deep transfer learning enables lesion tracing of circulating tumor cells”為題發(fā)表于《自然-通訊》（Nature Communications, 2022, 13, 7687）。
圖：CTC-Tracer原理示意圖癌癥是威脅人民生存的重大疾病，發(fā)展癌癥診療新方法是國家的重大需求。現(xiàn)有癌癥診療體系中，明確原發(fā)部位仍是進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化治療的基礎(chǔ)。但是，在臨床上仍有3~5%的癌癥是無法確定原發(fā)部位，它們稱之為原發(fā)灶不明癌，是最常見的十大癌癥之一，其死亡率位列第4。準(zhǔn)確的識別患者的原發(fā)病灶位置有助于確定有效治療方案，對于改善患者預(yù)后具有重要的意義。循環(huán)腫瘤細(xì)胞是從癌癥的原發(fā)灶或者轉(zhuǎn)移灶上脫落進(jìn)入人體循環(huán)系統(tǒng)的一類癌癥細(xì)胞，是癌癥轉(zhuǎn)移的前驅(qū)體?；谕庵苎h(huán)腫瘤細(xì)胞檢測的液體活檢技術(shù)因其無創(chuàng)、靈敏度高，分子信息全等優(yōu)勢，近年來已經(jīng)成為腫瘤篩查、伴隨診斷和預(yù)后評估的一種新興技術(shù)。課題組和合作團(tuán)隊基于深度遷移學(xué)習(xí)，并結(jié)合腫瘤細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序（scRNA-seq）圖譜，實現(xiàn)了原發(fā)腫瘤細(xì)胞到CTC的知識遷移，突破了當(dāng)前循環(huán)腫瘤細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜數(shù)據(jù)庫匱乏的限制，高效精準(zhǔn)地確定血液中CTCs對應(yīng)的癌癥原發(fā)病灶，為癌癥病灶溯源提供了一種新思路。化學(xué)化工學(xué)院2020級碩士研究生郭曉旭和林芳禾為論文的共同第一作者。該工作在楊朝勇教授、上海交大分子醫(yī)學(xué)研究院宋佳副研究員、嘉庚創(chuàng)新實驗室張惠敏副研究員和墨爾本大學(xué)劉峰助理教授指導(dǎo)下完成。復(fù)旦大學(xué)李晉教授在實驗設(shè)計及驗證方面提供了重要幫助。該研究工作得到了國家自然基金委重點項目、廈門大學(xué)校長基金青年創(chuàng)新群體項目等資助。論文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-022-35296-0
參考資料：https://news.xmu.edu.cn/info/1045/71668.htm
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