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Nat. Commun.:哌嗪衍生脂質(zhì)體用于mRNA遞送

來(lái)源:化學(xué)加網(wǎng)原創(chuàng)      2022-09-07
導(dǎo)讀:近日,美國(guó)佐治亞理工大學(xué)James Dahlman教授在Nature Communication上發(fā)表了題為“Piperazine-derived lipid nanoparticles deliver mRNA to immune cells in vivo”的研究文章(DOI:10.1038/s41467-022-32281-5),作者合成了一系列哌嗪衍生的可離子化脂質(zhì)體(Pi-Lipids),通過(guò)高通量DNA“條形碼”量化65種化學(xué)上不同的脂質(zhì)納米顆粒(LNP)在14種細(xì)胞類(lèi)型的mRNA體內(nèi)翻譯情況,分析脂質(zhì)結(jié)構(gòu)和細(xì)胞靶向之間的關(guān)系,確定有效體內(nèi)遞送的Lipid特征,實(shí)現(xiàn)體內(nèi)無(wú)配體mRNA靶向遞送。其中哌嗪作為六元含氮雜環(huán),具有以下優(yōu)勢(shì):1)哌嗪常用于生物活性藥物合成。2012年全球最暢銷(xiāo)的200種小分子藥物中有13種含有哌嗪環(huán)。2)哌嗪環(huán)是公認(rèn)的抗抑郁藥及抗生素等上市藥物的關(guān)鍵結(jié)構(gòu)單元。3)基于哌嗪的Lipid分子可實(shí)現(xiàn)有效電離。
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圖1.哌嗪衍生的LNP的合成與表征(圖片來(lái)源:Nat. Commun.

研究背景

肝臟作為人體最大的代謝器官兼具儲(chǔ)存糖原及造血功能,其中肝血竇(相鄰肝板之間的腔隙,是一種特殊的毛細(xì)血管)包含不連續(xù)的脈管系統(tǒng)以及緩慢的血流,有利于肝細(xì)胞與血流之間進(jìn)行物質(zhì)交換,增加了納米顆粒外滲和與肝細(xì)胞的相互作用,因此將RNA遞送至非肝細(xì)胞成為亟待解決的問(wèn)題。目前研究人員側(cè)重于以下幾個(gè)方面:1)對(duì)動(dòng)物進(jìn)行預(yù)處理,使肝細(xì)胞提前過(guò)載,從而改變LNP嗜性。然而,目前尚不清楚這種多步驟策略是否具有臨床相關(guān)性;2)LNP偶聯(lián)活性靶向配體。例如,DLin-MC3-DMA(一種經(jīng)FDA批準(zhǔn)用于肝細(xì)胞siRNA遞送的可電離lipid)結(jié)合抗體可重新靶向免疫細(xì)胞。這種方法的潛在限制是——含有RNA藥物的主動(dòng)靶向納米顆粒在臨床試驗(yàn)中可引起不良事件。3)單個(gè)識(shí)別納米顆粒體內(nèi)代謝途徑,實(shí)現(xiàn)內(nèi)源性靶向。此方法需要高通量體內(nèi)篩選,不適用于大型lipid庫(kù)。因此目前大部分lipid高通量篩選處于在體外細(xì)胞水平。本文中,作者通過(guò)DNA序列“條形碼”,篩選了65種不同的LNP,每個(gè)LNP均用獨(dú)特的“條形碼”標(biāo)記。體內(nèi)注射后,對(duì)從不同組織中提取的條碼進(jìn)行測(cè)序,通過(guò)檢索14種細(xì)胞類(lèi)型的DNA“條形碼”,便可知其體內(nèi)分布。

關(guān)鍵合成步驟

作者首先設(shè)計(jì)了由哌嗪核心和兩個(gè)叔胺組成的可電離脂質(zhì)體頭部,其可與疏水碳鏈相連Pi-Lipids)(圖1a)。其中以哌嗪為核心,添加了從C10到C12的飽和烴鏈(之前研究表明C10到C12的烷烴長(zhǎng)度有助于增強(qiáng)細(xì)胞膜穿透;ID:10-12)。此外,亞油酸鏈也被證實(shí)可增強(qiáng)LNP的胞內(nèi)遞送,因此作者也將其納入體系(ID:18-2Z)(圖 1b,c)。這八種新的基于哌嗪的可電離脂質(zhì)體具體合成步驟如下:1,4-雙(3-氨基丙基)哌嗪與Boc保護(hù)的β-丙氨酸或γ-氨基丁酸通過(guò)酰胺偶聯(lián)反應(yīng)12小時(shí),產(chǎn)生哌嗪中間體,產(chǎn)率為50%。隨后脫除Boc保護(hù)基,然后與不同疏水醛進(jìn)行一鍋法還原胺化反應(yīng),得到最終的哌嗪基脂質(zhì)(PPZ),產(chǎn)率為32%至59%。作者改變了碳鏈鍵的長(zhǎng)度并在兩個(gè)骨架中合成了lipid,PPZ-A含兩個(gè)碳,PPZ-B含三個(gè)碳。脂質(zhì)結(jié)構(gòu)通過(guò)核磁共振和高分辨率質(zhì)譜分析確證。

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圖2. 量化分析65種mRNA LNP體內(nèi)遞送以及結(jié)構(gòu)分析(圖片來(lái)源:Nat. Commun.

PPZ lipid與mRNA形成脂質(zhì)納米顆粒

作者進(jìn)一步研究了Pi-Lipids是否可制備為單分散LNP(Pi-LNP)。采用了(i)可電離陽(yáng)離子lipid;(ii)兩種具有不同碳鏈長(zhǎng)度的PEG-lipid(C14PEG2K和C18PEG2K);(iii)兩種膽固醇(膽固醇、20α-羥基膽固醇);(iv)磷酸乙醇胺(DOPE)。作者將Cre mRNA和DNA“條形碼”以10比1的質(zhì)量比進(jìn)行混合。每個(gè)LNP都經(jīng)過(guò)配制以攜帶其獨(dú)特的DNA“條形碼”,所有DNA“條形碼”均為91nt長(zhǎng)的單鏈DNA序列。用硫代磷酸酯修飾5'和3'末端以減少外切核酸酶降解,采用通用正向和反向引物區(qū)域以確保每個(gè)序列的相等擴(kuò)增,包含7個(gè)隨機(jī)核苷酸以監(jiān)測(cè)PCR偏差。

在對(duì)65個(gè)Pi-LNP進(jìn)行表征后,作者將其靜脈注射入Ai14小鼠中(圖 2a)。Ai14小鼠在CAG啟動(dòng)子下游有一個(gè)Lox-Stop-Lox-tdTomato構(gòu)建體。因此,如果Cre mRNA被遞送到靶細(xì)胞中并隨后翻譯成Cre蛋白,則細(xì)胞變?yōu)閠dTomato+(圖 2a)。通過(guò)熒光激活細(xì)胞分選分離tdTomato+細(xì)胞并對(duì)細(xì)胞進(jìn)行測(cè)序,在tdTomato+細(xì)胞內(nèi)分離與特定LNP相關(guān)的DNA 條形碼。作者共量化了14個(gè)不同細(xì)胞群的tdTomato+細(xì)胞的百分比(圖 2b)。在枯否細(xì)胞中觀察到40%的tdTomato+細(xì)胞,在脾巨噬細(xì)胞中為10%,在脾樹(shù)突細(xì)胞中為16%。在肝內(nèi)皮細(xì)胞和樹(shù)突細(xì)胞tdTomato+%<5%,肺和腎沒(méi)有觀察到tdTomato+細(xì)胞。之后,作者使用下一代DNA測(cè)序研究了65個(gè)LNP。然后,使用大型數(shù)據(jù)集對(duì)所有細(xì)胞類(lèi)型進(jìn)行全面結(jié)構(gòu)分析。首先,分析了基于不同Pi-Lipid結(jié)構(gòu)的LNP的平均歸一化遞送,發(fā)現(xiàn)含有PPZ-A10的Pi-LNP 表現(xiàn)出最高的遞送,其次是PPZA11(圖 2d)。作者假設(shè)在Pi-LNP之間觀察到的標(biāo)準(zhǔn)化傳遞的差異可能是由于封裝效率或LNP直徑差造成的。為了驗(yàn)證這一假設(shè),配制了八個(gè)LNP,僅改變可電離脂質(zhì)結(jié)構(gòu),同時(shí)保持相同的摩爾比和化合物組成,并測(cè)量每個(gè)LNP的直徑和封裝效率(圖 2e)。作者觀察到分別用PPZ-A10到PPZ-A18-2Z配制的Pi-LNPs的封裝效率從66%增加到88%,這表明封裝效率隨著碳鏈越長(zhǎng)而增加。然而,具有較長(zhǎng)碳鏈的Pi-LNP也顯示出150到300 nm大直徑,不利于LNP的體內(nèi)遞送。用PPZ-A和PPZ-B脂質(zhì)配制的Pi-LNP之間的封裝效率相當(dāng),但含有PPZ-B脂質(zhì)的Pi-LNP 比PPZ-A的尺寸大,因此體內(nèi)遞送量降低(圖 2d)。

總結(jié)

本文中,作者通過(guò)設(shè)計(jì)、合成和表征128種新型Pi-LNP,并將核酸遞送到體內(nèi)的非肝細(xì)胞。其中LNP-A10,以低至0.3mg/kg的劑量?jī)?yōu)先向肝臟和脾臟免疫細(xì)胞遞送mRNA。作者將PPZ脂質(zhì)的結(jié)構(gòu)與包含哌嗪基序的商業(yè)脂質(zhì)(C12-20039)進(jìn)行比較,其添加了酰胺鍵并去除了羥基。羥基會(huì)產(chǎn)生立體異構(gòu)體,使純化變得困難。相比之下,PPZ脂質(zhì)是手性純的,這使得它們更容易純化。作者發(fā)現(xiàn)與之前報(bào)道的C12-20039相比,Pi-LNP對(duì)脾巨噬細(xì)胞和樹(shù)突狀細(xì)胞的遞送增加。


文獻(xiàn)詳情:

Huanzhen Ni, Marine Z. C. Hatit, Kun Zhao, David Loughrey, Melissa P. Lokugamage, Hannah E. Peck, Ada Del Cid, Abinaya Muralidharan, YongTae Kim, Philip J. Santangelo, James E. Dahlman*, Piperazine-derived lipid nanoparticles deliver mRNA to immune cells in vivo, Nat. Commun.2022, 13, https://doi.org/10.1038/s41467-022-32281-5

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