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南京大學(xué)黃碩課題組Nano Letters首次報(bào)道納米孔多肽測(cè)序的技術(shù)原型

來源:南京大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院      2021-08-03
導(dǎo)讀:南京大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院黃碩課題組Nano Letters首次報(bào)道納米孔多肽測(cè)序的技術(shù)原型

蛋白質(zhì)是生命的基礎(chǔ)物質(zhì),在合成、催化和信號(hào)傳感等所有生命活動(dòng)中均承擔(dān)著重要的功能。因此,開發(fā)一種可靠、高效的蛋白質(zhì)測(cè)序技術(shù)對(duì)于理解生命過程和揭示疾病機(jī)理而言至關(guān)重要。傳統(tǒng)的蛋白質(zhì)測(cè)序方法,如質(zhì)譜法、Edman降解法,雖為蛋白質(zhì)領(lǐng)域做出了巨大貢獻(xiàn),但其在檢測(cè)限和動(dòng)態(tài)范圍方面存在較大局限性,無法完全滿足現(xiàn)實(shí)應(yīng)用的需求,尤其是在低豐度蛋白質(zhì)標(biāo)志物的檢測(cè)方面。因此,如果能在單分子水平上實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)的測(cè)序,將為檢測(cè)低豐度蛋白和實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)提供極高的靈敏度,并大大推動(dòng)相關(guān)領(lǐng)域的發(fā)展。

納米孔測(cè)序技術(shù)是近年來新興的一種單分子測(cè)序技術(shù),已在DNARNA測(cè)序方面取得了巨大成功,這也激勵(lì)著研究者們對(duì)于蛋白質(zhì)或多肽納米孔測(cè)序的嘗試。但是多肽納米孔測(cè)序的實(shí)現(xiàn)面臨著諸多挑戰(zhàn),其中一個(gè)主要的困難是如何實(shí)現(xiàn)多肽在納米孔中可控的棘輪運(yùn)動(dòng),而這主要受限于目前沒有合適的多肽測(cè)序酶。

“納米孔錯(cuò)位測(cè)序技術(shù)(Nanopore-Induced Phase-Shift Sequencing, NIPSS)”是近年來由南京大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院黃碩課題組原創(chuàng)開發(fā)的一種新型測(cè)序技術(shù),作為一種通用的測(cè)序技術(shù),NIPSS已經(jīng)成功實(shí)現(xiàn)了除DNA外其他生物大分子的測(cè)序,如非天然核酸(XNA)和microRNA的直接測(cè)序。在此工作中,南京大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院黃碩課題組使用NIPSS技術(shù)成功展示了多肽的納米孔測(cè)序技術(shù)原型(圖1)。

 

1:基于NIPSS的多肽納米孔測(cè)序技術(shù)原型展示。

為了驗(yàn)證NIPSS技術(shù)進(jìn)行多肽測(cè)序的可行性,我院黃碩課題組構(gòu)建了多肽-DNA嵌合鏈(圖1 A)。嵌合鏈的DNA部分為“驅(qū)動(dòng)鏈”,在NIPSS檢測(cè)過程中(圖1B),DNA測(cè)序酶通過拉動(dòng)DNA部分實(shí)現(xiàn)了整條多肽-DNA嵌合鏈在納米孔中的可控棘輪運(yùn)動(dòng),從而實(shí)現(xiàn)了多肽的納米孔直接讀取。多肽的NIPSS信號(hào)表現(xiàn)出高度的一致性和序列相關(guān)性,由單氨基酸替換引起的電流變化也能被清楚地檢測(cè)到。通過將多肽的N端或C端與DNA驅(qū)動(dòng)鏈進(jìn)行偶聯(lián),我院黃碩課題組也成功實(shí)現(xiàn)了對(duì)多肽兩端氨基酸序列信息的讀取。

該工作以“Single molecule ratcheting motion of peptides in a Mycobacterium smegmatis porin A (MspA) nanopore”為題,于2021728日在《Nano Letters》發(fā)表相關(guān)論文(DOI10.1021/acs.nanolett.1c02371,文章鏈接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.nanolett.1c02371)。我院閻雙紅博士為該論文第一作者,我院黃碩教授為該論文通訊作者。此項(xiàng)研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金(項(xiàng)目編號(hào):31972917, 91753108, 21675083)、江蘇省高層次創(chuàng)業(yè)創(chuàng)新人才引進(jìn)計(jì)劃(個(gè)人、團(tuán)體計(jì)劃)、江蘇省自然科學(xué)基金(項(xiàng)目編號(hào)BK20200009)等經(jīng)費(fèi)支持。


參考資料:https://chem.nju.edu.cn/33/0a/c12639a537354/page.htm

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