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南京大學(xué)潘惠杰/西安交大黃鋼鋒JACS:利用仿生配合物與脫輔酶重組揭示單鐵氫酶金屬輔因子上甲基的功能

來源:化學(xué)加APP      2025-07-01
導(dǎo)讀:近日,南京大學(xué)潘惠杰特聘研究員與西安交通大學(xué)黃鋼鋒教授合作,通過設(shè)計一系列 FeGP 模型配合物(2?4),系統(tǒng)研究了吡啶配體上 3-甲基和 5 -甲基的作用。其中,使用模型配合物4與脫輔酶重組得到的人工半合成單鐵氫酶(jHmd-4)的正向(forward,氫化)與反向 (reverse,脫氫)反應(yīng)活性分別為38.5 ± 2.7和 33.5 ± 2.5 U·mg-1,其活性約為天然單鐵氫酶的8%,是目前為止活性最高的人工半合成單鐵氫酶。

正文

氫酶是一類能夠催化氫分子可逆生成和裂解的生物催化劑,目前已知的氫酶根據(jù)其活性中心金屬不同可以分為三大類:鎳鐵氫酶、鐵鐵氫酶和單鐵氫酶。發(fā)現(xiàn)最晚的單鐵氫酶在催化中心結(jié)構(gòu)和催化機(jī)制上與其他兩類氫酶具有明顯區(qū)別。首先,在結(jié)構(gòu),單鐵氫酶金屬活性中心只有一個二價鐵離子,而且不含有傳遞電子的鐵硫簇。其次,單鐵氫酶單金屬活性中心可以直接異裂氫氣生成Fe-H中間體,進(jìn)而轉(zhuǎn)移氫負(fù)離子到底物上,該過程與傳統(tǒng)貴金屬氫化催化劑類似。這樣的催化機(jī)理使其有望應(yīng)用于不對稱氫化領(lǐng)域。

然而,天然單鐵氫酶僅存在于產(chǎn)甲烷古菌中,需要通過厭氧發(fā)酵,并在氧條件下經(jīng)過分離純化得到。這個過程復(fù)雜且低效。此外,由于來源于古菌,對該酶進(jìn)行突變和定向進(jìn)化的基因操作也極具挑戰(zhàn)。以上這些因素導(dǎo)致單鐵氫酶大規(guī)模培養(yǎng)和改造困難,嚴(yán)重限制了該酶的研究與應(yīng)用發(fā)展。

人工半合成策略通過將大腸桿菌 (E. coli異源表達(dá)的脫輔酶(apoenzyme)與有機(jī)合成的金屬輔因子仿生配合物(model complex)體外重組,得到具有催化活性的半合成單鐵氫酶(semisynthetic [Fe]-Hydrogenase),這一策略為解決該酶的大規(guī)模制備改造困難帶來希望。然而,目前合成的金屬輔因子仿生配合物與天然金屬輔因子(FeGP)的結(jié)構(gòu)相去甚遠(yuǎn),經(jīng)過重組得到的半合成單鐵氫酶活性不足天然單鐵氫酶的1%。因此,亟須合成結(jié)構(gòu)更接近天然金屬輔因子的仿生配合物,以得到重組后活性更高、更穩(wěn)定的人工半合成單鐵氫酶。

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1. a) FeGP輔因子的結(jié)構(gòu)和過去報道的仿生配合物結(jié)構(gòu);b) 生物體內(nèi)天然金屬輔因子合成過程中的甲基化過程;c) 本文合成的仿生配合物圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

針對天然FeGP 輔因子的吡啶配體結(jié)構(gòu),通過合成路線的優(yōu)化,保護(hù)基團(tuán)及脫保護(hù)條件的篩選,成功制備高純度仿生配合物2a-4a2-4,并通過核磁、高分辨質(zhì)譜、紅外和XRD等手段鑒定了結(jié)構(gòu)。其中仿生配合物的結(jié)構(gòu)與天然輔因子最為接近(僅缺失 GMP 基團(tuán))。(圖2 

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2. a) 仿生配合物的合成路線;b) 仿生配合物的紅外光譜;c) 仿生配合物3-4的晶體結(jié)構(gòu)。圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

合成了仿生配合物1-4后(其中仿生配合物1為對照,參考Nature Chemistry 7, 995–1002 (2015), 與大腸桿菌表達(dá)的脫輔酶經(jīng)過重組得到一系列半合成單鐵氫酶,并分別測定了他們的正向(氫化)與反向(脫氫)反應(yīng)活性、重組速率、空氣穩(wěn)定性及反應(yīng)動力學(xué)參數(shù)。結(jié)果顯示,引入3-甲基后,半合成單鐵氫酶 jHmd-4 的催化活性較無3-甲基類似物jHmd-3提升了約35倍,正向/反向反應(yīng)活性分別達(dá) 38.533.5 U?mg?1,目前半合成單鐵氫酶最高紀(jì)錄(表1)。此外,3-甲基的存在加速了模型配合物與脫輔酶的重組速度,在重組5分鐘內(nèi)便達(dá)到了終活性的90%以上,這一速度接近天然FeGP輔因子于脫輔酶的重組速度(圖3c)。相較于jHmd-1, 吡啶上引入4-羥基后重組得到的jHmd-2活性明顯下降,其活性不足jHmd-1的一半。而在引入5-甲基后,活性從jHmd-20.7 ± 0.2 U?mg?1向)與0.3 ± 0.1 U?mg?1向)提升至1.1 ± 0.2 U?mg?1向)和1.1 ± 0.1 U?mg?1向)(表1)。有意思的是,5-甲基雖然未大幅提升半合成單鐵氫酶的活性,但卻給半合成酶的空氣穩(wěn)定性帶來了顯著提升—— 暴露于空氣中 30 分鐘后,jHmd-3jHmd-4仍保留了約 65% 活性,而jHmd-1jHmd-2的活性已降至初始活性的40%左右(圖3d。

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3. a) 重組過程示意;b) 重組酶的活性柱狀圖c) 重組酶的活性隨重組時間的變化;d重組酶的活性隨暴露于空氣時間的變化。圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

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1. 人工半合成單鐵氫酶的活性。圖片來源:J. Am. Chem. Soc.

隨后通過對單鐵氫酶晶體結(jié)構(gòu)的分析發(fā)現(xiàn),3-甲基通過范德華作用與底物(methenyl-H?MPT?上的苯環(huán)作用,限制了金屬輔因子和底物的運動,促進(jìn)氫化物轉(zhuǎn)移。5-甲基與蛋白中 Thr177 和 Trp148 殘基形成緊密的空間相互作用,穩(wěn)定了輔因子在蛋白腔中的構(gòu)象,最終給活性和穩(wěn)定性帶來了提升(圖4。而4-OH 基團(tuán)與鳥苷的磷酸基團(tuán)存在空間排斥,最終導(dǎo)致了穩(wěn)定性和活性的下降。 

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4天然單鐵氫酶的晶體結(jié)構(gòu),PDB6HAV圖片來源:J. Am. Chem. Soc.


總結(jié)

本文針對天然 FeGP 輔因子的吡啶配體,通過精準(zhǔn)設(shè)計金屬輔因子仿生配合物的結(jié)構(gòu)首次明確 FeGP 輔因子中兩個甲基取代基的功能分工,揭示了它們的微觀調(diào)控作用,進(jìn)一步完善了天然單鐵氫酶的結(jié)構(gòu)功能關(guān)系通過人工半合成策略得到了迄今為止活性最高、穩(wěn)定性最高的人工半合成單鐵氫酶該類酶的應(yīng)用開發(fā)奠定了良好基礎(chǔ)。

這一成果近期發(fā)表在Journal of the American Chemical Society 上,文章第一作者為南京大學(xué)23級博士生王超,通訊作者為南京大學(xué)潘惠杰特聘研究員西安交通大學(xué)黃鋼鋒教授。

潘惠杰特聘研究員 https://www.x-mol.com/groups/pan_huijie

黃鋼鋒教授https://gr.xjtu.edu.cn/zh/web/gangfeng.huang

文獻(xiàn)詳情:

Reconstitution of [Fe]-Hydrogenase with Model Complexes Reveals Functional Roles of Methyl Groups in the Metallocofactor
Chao Wang, Haoyu Li, Jinsi Li, Chang Wang, Jinmeng Yu, Seigo Shima, Gangfeng Huang, Hui -Jie Pan
J. Am. Chem. Soc.2025 
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.5c05803
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