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JACS:上海有機(jī)所劉文課題組在富硫細(xì)菌環(huán)肽的生物合成研究方面取得進(jìn)展

來(lái)源:上海有機(jī)所      2023-03-22
導(dǎo)讀:近日,上海有機(jī)所劉文課題組在富硫細(xì)菌環(huán)肽的生物合成研究方面取得進(jìn)展,相關(guān)研究成果在“Journal of the American Chemical Society”上發(fā)表(DOI:10.1021/jacs.3c01730)。

核糖體肽是自然界通過(guò)翻譯后修飾化學(xué)創(chuàng)造的一類(lèi)結(jié)構(gòu)復(fù)雜、活性優(yōu)良的肽類(lèi)天然產(chǎn)物。許多有廣泛應(yīng)用的抗生素,如乳酸鏈球菌素和硫鏈絲菌素,均通過(guò)翻譯后修飾化學(xué)從20種天然氨基酸構(gòu)成的簡(jiǎn)單多肽轉(zhuǎn)化而來(lái)。上海有機(jī)所劉文課題組長(zhǎng)期從事富硫細(xì)菌環(huán)肽的翻譯后修飾化學(xué)研究,近期對(duì)相關(guān)肽的主鏈骨架修飾、氮雜核心環(huán)的形成以及非天然氨基酸的引入等酶促反應(yīng)過(guò)程進(jìn)行了剖析(J. Am.Chem.Soc.2020, 142,8454–8463;J.Am.Chem.Soc.2021,143,13790-13797; Cell Chem.Biol. 2021,28, 675-685;J.Am.Chem.Soc.2022,144,4431-4438)。

  賽普霉素是鏈霉菌產(chǎn)生的一類(lèi)核糖體肽,具有顯著抑制藤黃微球菌和小鼠白血病細(xì)胞生長(zhǎng)的作用。自發(fā)現(xiàn)以來(lái)三十余年,人們對(duì)該類(lèi)核糖體肽的翻譯后修飾過(guò)程知之甚少?;谇捌诠ぷ骰A(chǔ),劉文課題組對(duì)該分子的骨架形成機(jī)制展開(kāi)了研究。研究結(jié)果修正了賽普霉素的化學(xué)結(jié)構(gòu):除了已知的脫氫丁胺酸殘基外,該分子還含未被發(fā)現(xiàn)的11個(gè)D型氨基酸殘基,表明賽普霉素是一種長(zhǎng)期以來(lái)被低估了的高度修飾核糖體肽。研究發(fā)現(xiàn),僅由兩個(gè)膜蛋白的共同作用,便能催化肽鏈上的4個(gè)蘇氨酸脫水、1個(gè)半胱氨酸脫硫和11個(gè)氨基酸(3個(gè)丙氨酸、2個(gè)纈氨酸、2個(gè)天冬酰胺、2個(gè)異亮氨酸、2個(gè)脯氨酸)發(fā)生差向異構(gòu)化反應(yīng)。

  研究證明,上述三種后修飾反應(yīng)在化學(xué)機(jī)制上是一致的。脫水反應(yīng)、脫硫反應(yīng)和差向異構(gòu)化反應(yīng)可以互換,例如將 D 型氨基酸位點(diǎn)突變蘇氨酸,后修飾過(guò)程中該位點(diǎn)發(fā)生了脫水反應(yīng);將蘇氨酸位點(diǎn)突變?yōu)榘腚装彼釀t發(fā)生了脫硫反應(yīng)。通過(guò)同位素標(biāo)記實(shí)驗(yàn),證明差向異構(gòu)化反應(yīng)只斷裂Ca-H鍵,從而支持上述反應(yīng)經(jīng)歷相同的Ca烯醇化過(guò)程。盡管自然界存在多種脫水酶、消旋酶和脫硫酶,但從未發(fā)現(xiàn)在多肽水平上由相同化學(xué)機(jī)制串聯(lián)起三種反應(yīng)的酶促機(jī)制。該發(fā)現(xiàn)為這種高普適性、高底物泛雜性的氨基酸殘基翻譯后修飾化學(xué)提供了有力證據(jù),并為解析該后修飾過(guò)程的分子機(jī)制打下良好基礎(chǔ)。通過(guò)前體肽的工程化改造,獲得了三十余種賽普霉素類(lèi)似物,有助于探究賽普霉素的構(gòu)效關(guān)系,以及通過(guò)合成生物學(xué)方法獲得更高產(chǎn)量和更高活性的賽普霉素變體。

  該研究成果近期在“Journal of the American Chemical Society”上發(fā)表(DOI:10.1021/jacs.3c01730)。有機(jī)所博士生薛彥青和博士后王曉峰為共同第一作者,劉文研究員為通訊作者。感謝上海有機(jī)所公共技術(shù)服務(wù)中心王昊陽(yáng)老師和宋瑋老師在分析方面提供的大力支持。該工作得到科技部、國(guó)家自然科學(xué)基金委相關(guān)基金的大力資助。

  

  

圖:Fig 1. 林那羅定肽生物合成中的脫水、脫硫和異構(gòu)化反應(yīng)

劉文-蘇州嘉賓介紹.jpg

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