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南京中醫(yī)藥大學譚仁祥教授團隊在Angew.發(fā)表定向進化改變鄰氧螯合酶催化的反應軌跡研究成果

來源:南京中醫(yī)藥大學      2022-06-08
導讀:近日,南京中醫(yī)藥大學譚仁祥教授團隊在國際知名學術期刊Angew. Chem. Int. Ed.(中科院化學一區(qū),IF: 15.336)在線發(fā)表題為 “Alteration of the Catalytic Reaction Trajectory of a Vicinal Oxygen Chelate Enzyme by Directed Evolution” 定向進化改變鄰氧螯合酶催化的反應軌跡的研究成果。

 近日,南京中醫(yī)藥大學譚仁祥教授團隊在國際知名學術期刊Angew. Chem. Int. Ed.(中科院化學一區(qū),IF: 15.336)在線發(fā)表題為 “Alteration of the Catalytic Reaction Trajectory of a Vicinal Oxygen Chelate Enzyme by Directed Evolution” 定向進化改變鄰氧螯合酶催化的反應軌跡的研究成果。






      鄰氧螯合(VOC)家族酶可催化多種反應。其中,雙加氧酶如外二醇雙加氧酶(EDOs)、內(nèi)二醇雙加氧酶(IDOs)可以催化芳香族化合物的環(huán)裂解,在好氧生物降解中發(fā)揮關鍵作用,對于維持全球碳循環(huán)以及環(huán)境保護具有重要意義。但目前為止,仍缺乏一個合適的平臺來調(diào)控此類雙加氧酶的反應類型,尤其對于鄰苯醌代謝通路的反應軌跡,研究甚少。

譚仁祥課題組前期在研究抗腫瘤化合物chartreusin生物合成過程中發(fā)現(xiàn),雙加氧酶 ChaP可催化含鄰苯醌基團的底物chartrequinone氧化重排形成chartreusin。系統(tǒng)發(fā)育樹分析顯示,ChaP屬于VOC家族的新分支,在催化機制上與EDOs及IDOs相差較大,但其作用底物與兒茶酚有一定相似性。有研究報道,通過蛋白氨基酸突變,可實現(xiàn)EDOs和IDOs的互相轉變。受此啟發(fā),定向進化被應用于ChaP 的人工改造。

首先,本文基于組合活性中心飽和測試(CAST)和迭代飽和誘變(ISM)原則,通過大規(guī)模建庫及隨后的體外酶促反應驗證,成功篩選到可將chartrequinone轉化為chatric acid A 的最優(yōu)突變株ChaPD49L/Y92A、 ChaPD49L/Y92G ChaPD49L/Y92T ChaPD49L/Y92S,其轉化率高達95%,這徹底改變了ChaP原有的催化模式。在此基礎上,通過去卷積實驗,作者確定49位天冬氨酸突變成亮氨酸是ChaP催化反應類型轉變的開關,其余突變位點與之的作用效應是協(xié)同而并非累加。為了更詳細地洞察機理,作者對篩選到的突變株進行了蛋白晶體培養(yǎng)。由此獲得了關鍵突變體 ChaPD49L、雙突變ChaPD49L/Q91CChaPD49L/Y109F的蛋白晶體結構。接下來,作者通過計算模擬進一步探討反應機制,一定程度上解釋了底物chartrequinone在ChaP和ChaPD49L催化下形成不同產(chǎn)物的分布。除此之外,結合氧同位素標記、自由基驗證、低溫捕獲中間體、chartrequinon類似物17-hydroxy-Chq酶促反應等實驗,作者對ChaP突變株催化chartrequinone生成chatric acid A的反應機制進行了推測。

綜上,作者開發(fā)了一個平臺,可以控制鄰氧螯合家族酶的催化反應軌跡。 這項研究加深了大眾對鄰氧螯合家族酶的理解,并擴大了它們的綠色催化庫,從而為重新利用這些具有應用潛力的加氧酶提供了范例。


文章第一作者為南京中醫(yī)藥大學中藥品質(zhì)與效能國家重點實驗室(培育)副教授王以爽、博士研究生鄭婉、碩士研究生金允俠及南京醫(yī)科大學副教授蔣南,通訊作者為譚仁祥教授和朱家鵬教授,南京中醫(yī)藥大學為第一通訊單位。該研究得到國家自然科學基金項目(81991524、82003608)和江蘇省自然科學基金項目(BK20211254)資助。 

 

原文鏈接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.202201321



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